Un hombre llamado Shoichi Tsugami ha perdido la memoria. No sabe quién es, de dónde vino o cómo llegó a sus peculiares circunstancias. Tsugami, aparentemente sin razón, se transforma en un poderoso sobrehumano, Agito, cada vez que está en presencia de los seres a los que la policía llama "Desconocidos", una raza de poderosos monstruos que han estado causando asesinatos en Tokio, teniendo como objetivo a ciertas personas. Estos misterios y otros chocan, ya que la verdadera naturaleza de Agito determinaría en última instancia el destino de la humanidad.
Episodio 1Para tomar medidas preventivas contra más atrocidades causadas por las formas de vida no identificadas, la policía presenta la unidad G3. Pero cuando llega el momento de luchar contra el asesino Pantheras Luteus, el G3 se queda corto ante el poder de Agito.
Episodio 2Después de los asesinatos de la familia Saeki, Makoto Hikawa decide investigar un poco la foto que encontró del hijo, Nobuhiko. A mitad de su investigación aparecen dos "Desconocidos" más. Al mismo tiempo, Shoichi Tsugami, que intenta llevarse bien con su familia adoptiva, cae en un estado de trance y se convierte en el Kamen Rider Agito.
Episodio 3Agito enciende G3 después de derrotar a Pantheras Albus y Pantheras Tristis, dañando severamente el traje de G3. La policía no tiene más remedio que etiquetar a Agito como peligroso. Shoichi Tsugami se enfrenta a su situación y declara que debe "proteger el lugar al que pertenece". Ryo Ashihara finalmente se despierta de su estado crítico para abandonar el equipo de natación y volverse rebelde.
Episodio 4El laboratorio de O-Parts finalmente desenredó el antiguo rompecabezas, revelando un misterioso modelo de ADN, e intentan replicar el ADN. Shoichi Tsugami decide irse de casa después de que Mana Kazaya lo viera transformarse en Agito. El entrenador de natación de Ryo Ashihara rastrea a su nadador estrella y Ryo decide "mostrarle todo".
Episodio 5El laboratorio de O-Parts ha sido desmantelado después de que el bebé de ADN escapó, dejando más preguntas que respuestas. Ryo Ashihara, después de distanciarse de su entrenador de natación, intenta volver a estar con su ex novia Mayumi Kitahira, la nueva tutora de matemáticas de Mana Kazaya, como una forma de mantenerlo con los pies en la tierra mientras trata de averiguar qué le está pasando.
Episodio 6Después de ser salvada por Agito de las dos serpientes desconocidas y ver a Ryo Ashihara cambiar accidentalmente a Kamen Rider Gills, Mayumi Kitahira decide que debe poner distancia entre ella y su ex novio. Al verla irse, Ryo decide poner a prueba su transformación, pero debe luchar contra el monstruo que lleva dentro.
Episodio 7Después de derrotar a uno de los Snake Unknowns, Ryo Ashihara entra en estado de shock debido al retroceso de sus poderes y es secuestrado por el niño de ADN. Los supervisores de Makoto Hikawa sienten que deben reconsiderar el funcionamiento de la unidad G3 de Makoto y han suspendido todas las operaciones del sistema G3. Makoto reflexiona sobre el incidente que lo llevó a convertirse en G3. Mana toca la cabeza de Shoichi Tsugami cuando colapsa y accidentalmente se sumerge en su memoria con sus poderes, descubriendo una terrible conexión entre él y su difunto padre.
Episodio 8Mana Kazaya se distancia de Shouichi mientras ordena lo que vio en sus recuerdos. Agito desata un nuevo poder para evitar que el Corvus Croccio Unknown cause más bajas. El departamento de policía finalmente decide qué acción tomar con el Sistema G3.
Episodio 9OverLord ha madurado por completo y desaparece, dejando a Gills asustado preguntándose por qué debería estar tan asustado. Toru Hojo ha logrado convertirse en el operador del sistema G3 y quiere demostrar que no solo puede derrotar a los Desconocidos, sino también capturar a Agito. Shoichi Tsugami se encuentra con alguien que dice saber quién es, pero parece estar ocultando algo peligroso.
Episodio 10Shoichi Tsugami ha sido interrogado por el asesinato de la mujer con la que se suponía que debía encontrarse, Tomoko Miura. Para probar su inocencia, Mana Kazaya debe usar sus habilidades psíquicas para encontrar al verdadero culpable. Ryo Ashihara se entera de la muerte de su padre, quien hasta ahora ha estado desaparecido. El pulpo Desconocido, Mollipes Octipes, que se derritió después de la batalla con Toru Hojo, regresa para terminar el trabajo.
Episodio 11Toru Hojo huye de la batalla con el pulpo Desconocido después de que sus ataques fallan, abandonando el traje G3 y dejando a Agito para derrotar al Desconocido. Shouichi y Mana deciden localizar a un amigo de Tomoko Miura que puede o no saber sobre el pasado de Shouichi. Ryo Ashihara descubre un cuaderno en las pertenencias de su padre lleno de nombres e intenta averiguar en qué estaba trabajando su padre antes de fallecer.
Episodio 12Debido a su excelente trabajo de deducción y al salvar a una mujer, con la ayuda de Agito, de un par de Desconocidos, Makoto Hikawa vuelve a ser instalado como el operador de la unidad G3. Saeko Shinohara les dice a Shouichi y Ryo que hay ruinas de una antigua civilización en el lago cercano y que la gente de la civilización venera a un guerrero cuya marca tiene un parecido similar a la máscara de Agito. Desafortunadamente, Saeko parece haberse cerrado a otras personas después del incidente de Akatsuki.
Episodio 13OverLord ha sido declarado mentalmente inestable y fue trasladado de la celda de la cárcel a un hospital, donde recibe la visita de un hombre misterioso. Al mismo tiempo, Koji Kono y Makoto Hikawa recorren el asesinato del profesor Nobuyuki Kazaya. Shouichi y Taichi intentan averiguar qué hacer para el cumpleaños de Mana.
Episodio 14G3 viene al rescate después de que Shouichi es picado por el escorpión Desconocido. El diagnóstico es que Shouichi solo tiene 24 horas de vida, decide vivir su día normalmente y le dice a Makoto Hikawa que simplemente no siente que vaya a morir. Ryo Ashihara continúa con la lista en el cuaderno de su padre, pero se queda corto. El equipo de G3 echa un vistazo más a fondo a la pelota y la cinta VHS ocultas por el profesor Nobuyuki Kazaya.
Episodio 15Con la ayuda de The OverLord, Shouichi derrota al escorpión Desconocido y vive para ver otro día. Toru Hojo ha recibido permiso para capturar a Agito, pero no con las medidas extremas que quería. Taichi se enferma y una mujer que dice ser ama de llaves, contratada por el profesor Misugi mientras él está fuera, lo trata para que recupere la salud.
Episodio 16La nueva ama de llaves de la casa Misugi, Aki Sakaki, se enfrenta a Ryo Ashihara porque su nombre está en el cuaderno de su padre. Desafortunadamente para Ryo, ella afirma que no sabe nada, pero él no le cree y la sigue. Después de acercarse a Shouichi y Taichi, Aki se convierte en el objetivo de un Desconocido... y la ira de Mana.
Episodio 17Ryo Ashihara es siempre persistente y sigue presionando a Aki Sakaki sobre lo que le sucedió a su padre en el Akatsuki-go. Mana todavía cree que Aki no es la novia de Shouichi, pero a pesar de sus deseos, Shouichi se siente atraído por la idea de tener una novia, incluso si no puede recordarla. Toru Hojo pone a su equipo en el lugar para capturar a Agito, pero ¿será suficiente?
Episodio 18Kamen Rider Gills es dado por muerto después de ser atacado por el pelotón de fusilamiento de Toru Hojo y el ataque de G3. Shouichi decide vivir en la casa de Aki Sakaki mientras ella no está. Debido a la falta de progreso en la defensa anti-Desconocido, la policía decide traer al ex compañero de Toru, Ryuji Tsukasa, para encabezar el equipo G3.
Episodio 19Shouichi decide hacerse cargo de la panadería en la que trabaja cuando su jefe, Sashi Hanamura, es asesinado. Ryuji Tsukasa convence al departamento de policía de que el equipo G3 actual debe disolverse y se debe formar uno nuevo con él a la cabeza. Toru Hojo se da cuenta de que la muerte de Hanamura no fue causada por un Desconocido sino por un humano que lo hizo parecer un Desconocido.
Episodio 20Ryo Ashihara permanece en estado crítico pero está siendo atendido por Shoichi Tsugami. OverLord imparte una parte de su poder a Tetsuya Sawaki después de que Tetsuya ve lo que la humanidad tiene para mostrarle. Los poderes de Aki Sakaki despiertan nueve meses después del incidente de Akatsuki-go. Ella usa sus nuevos poderes para cazar a los miembros del plan Agito Capture.
Episodio 21Pensando que Ryo Ashihara está muerto, Aki Sakaki persigue al equipo de Agito Capture para vengarse. Ryo se despierta con una voz en su cabeza y encuentra a Shoichi Tsugami viviendo en la casa de Aki. Con pruebas de personas que tienen poderes sobrenaturales, el equipo G3 comienza a conectar los puntos de por qué los Desconocidos atacan a las personas.
Episodio 22Al ver a Aki Sakaki muerta en manos de Agito, Ryo Ashihara cree erróneamente que él la mató y ataca a Agito como Gills. Agito, Gills y G3 tienen una batalla acalorada que resulta en que el sistema G3 se dañe mucho más allá de la reparación. Después de la batalla, el departamento de policía dice que el nuevo sistema G3, G3-X, tendrá que competir contra el nuevo sistema de Toru Hojo, el sistema V-1, para ver qué traje se usará contra los Desconocidos en el futuro.
Episodio 23Después de que su cuerpo es llevado al límite, Makoto Hikawa se ve obligado a renunciar a su puesto como operador de G3-X. Sumiko Ozawa siente que Makoto usa demasiada fuerza y que no se sincronizará con el sistema de IA del G3-X, sino que necesita una persona mucho más relajada y despreocupada... como Shoichi Tsugami.
Episodio 24Después de volverse loco, destruir el sistema V-1 y la segunda abeja Desconocida, y luego atacar a Agito, Makoto Hikawa se desmaya en el sistema G3-X. Está hospitalizado y se da cuenta de que, si bien el sistema G3-X es perfecto, tiene muchos defectos. Makoto recurre a la única otra persona que ve como un candidato adecuado para el G3-X, Shoichi Tsugami.
Episodio 25Makoto Hikawa asume toda la responsabilidad por volverse loco después de ver a Shoichi Tsugami lidiar efectivamente con un Desconocido en el traje G3-X. Los jefes de policía reconocen esto y deciden que Toru Hojo opere el G3-X una vez que se disuelva el sistema V-1. Sumiko Ozawa debe darse cuenta de que su sistema G3-X es demasiado perfecto y demasiado inteligente y, para que Makoto lo opere, debe hacerlo defectuoso. Ryo Ashihara está completamente curado y busca venganza contra Agito.
Episodio 26Agito es derrotado por Gills, dejándolo ahogado. Shouichi no muere, pero recupera la memoria y luego emprende un viaje para descubrir quién es el verdadero Shoichi Tsugami. Ryo Ashihara continúa trabajando en la lista de nombres en el cuaderno de su padre y conoce a los "amigos" de Aki Sakaki: Masumi Sekiya y Katsuhiko Sagara.
Episodio 27Después de ser salvados por Ryo Ashihara, Masumi Sekiya y Katsuhiko Sagara deciden que Gills los amenaza demasiado y deben morir. Shouichi y el verdadero Shoichi Tsugami se encuentran cara a cara y hablan sobre su único vínculo común: la fallecida hermana y novia Yukina Sawaki, quien fue una de las primeras personas con poderes y se suicidó.
Episodio 28Unas semanas antes del episodio 27... Un chico que huye de su pasado y dos hombres vestidos de negro se topan con Ryo Ashihara. Ryo decide ayudar al chico a huir lejos... hasta que se encuentran con un Desconocido.
Episodio 29Una víctima de un ataque desconocido resultó ser un ladrón de cajas fuertes cuyo cómplice era su hermano menor. La policía cree que si pueden encontrar al hermano menor, entonces pueden protegerlo y arrestarlo. Makoto Hikawa recluta a Mana y Shouichi para ayudar en el esfuerzo.
Episodio 30Toru Hojo decide tomar el caso de asesinato de Nobuyuki Kazaya diciendo que no fue un Desconocido quien lo mató sino un humano con poderes telequinéticos. Tetsuya Sawaki, yendo en contra de los principios de OverLord, intenta revivir a Ryo Ashihara usando un humano con superpoderes. Desafortunadamente, el hombre que lo mató, Katsuhiko Sagara, no es lo suficientemente poderoso para hacerlo.
Episodio 31Después de atacar al equipo de tenis en la exhibición de fuegos artificiales, Mana cree que, sin saberlo, mató a su padre. Mana intenta distanciarse de las personas que ama y es secuestrada por Katsuhiko Sagara, quien espera poder hacer un futuro seguro para las personas con poderes sobrenaturales.
Episodio 32Mana, bajo la guía de Tetsuya Sawaki, inicia el proceso de revivir a Ryo Ashihara y parece tener una reacción violenta en su cuerpo. Shouichi intenta comunicarse con Mana, que se escapó de casa, mostrándole que no está sola tratando de encontrar "el lugar al que pertenecen".
Episodio 33El El del Agua ha poseído a Masumi Sekiya y se critica que mató a los dos miembros de Akatsuki-go de la Resurrección de Gills en su cuerpo sin que ella lo supiera. El El del Agua ahora ha puesto su mirada en Agito. Shouichi se encuentra cara a cara con el El del Agua y cree que no importa lo que pase, no puede vencerlo, y se asusta. Comienza a preguntarse por qué se convirtió en Agito.
Episodio 34Después de ser golpeado por El of Water, tanto Gills como Agito se retiran. Shouichi queda postrado en cama con heridas y Ryo debe protegerlo a pesar de que ambos saben que no son rival para el mortal Desconocido. Uno de los últimos supervivientes del incidente de Akatsuki-go, Koji Majima, se convierte en el objetivo de una mantis desconocida.
Episodio 35Shouichi, luchando por sí mismo, se transforma en Agito Burning y derrota a la mantis Unknown y al El of Water. El El del agua, en un último esfuerzo, se retira al cuerpo del OverLord y jura venganza contra Agito. Shouichi recupera su autoestima y se reincorpora a la familia Misugi. Ryo Ashihara es testigo de que alguien es atacado por un Desconocido y va a salvarla. Se encuentra con un extraño hombre vestido de negro llamado Kaoru Kino.
Episodio 36Kaoru Kino salva a Ryo Ashihara y Koji Majima de un Desconocido. Le dice a Ryo que su único propósito en la vida es salvar a la gente, ya sea como médico o como Agito. Pero, ¿realmente se puede confiar en este hombre, atormentado por su pasado? Makoto Hikawa finalmente se da cuenta de que los Desconocidos están apuntando a las personas que una vez rescató, pero no sabe por qué.
Episodio 37Kaoru Kino persigue y hiere brutalmente a Ryo Ashihara, alegando que el mundo solo necesita un Agito. Mientras Koji Majima y Ryo huyen, Kino se convierte en humano de Another Agito y Makoto Hikawa y Toru Hojo lo ven. Si bien Makoto está realmente agradecido de que Agito sea una persona "pura", Toru cree que puede capturar a Agito de una vez por todas cuando se transforme de nuevo en humano.
Episodio 38Shouichi es capturado por Toru Hojo por accidente al salir de una batalla con un Desconocido. Toru lo lleva para interrogarlo a pesar de que Toru vio a Kaoru Kino transformarse de Agito anteriormente. Ryo Ashihara, que escapa del bisturí asesino de Kino, se encuentra una vez más perseguido por Otro Agito.
Episodio 39Agito y Another Agito luchan y llegan a un empate, dando tiempo suficiente para dejar escapar a Ryo Ashihara, Koji Majima y Makoto Hikawa. Tetsuya Sawakii se encuentra con Koji y Ryo y les dice a Koji que solo hay una forma de salvar a Ryo... transfiriendo su semilla de Agito a Ryo. Toru Hojo y Sumiko Ozawa informan a sus superiores que Shoichi Tsugami es Agito y que se le debe permitir actuar libremente. Sus superiores deciden mantener este hecho en secreto dejando a Hikawa preguntándose quién es Agito.
Episodio 40Ryo Ashihara despierta un nuevo poder, Exceed Gills, y logra dañar gravemente a Another Agito, pero decide no asestar el golpe final. Makoto Hikawa, ahora que conoce la identidad de Agito, no sabe cómo debe enfrentar a Shoichi Tsugami.
Episodio 41Shoichi Tsugami y Makoto Hikawa finalmente crearon un buen vínculo de lucha y su relación volvió a la normalidad. Shouichi siente que lo mejor para averiguar por qué Kaoru Kino los atacó es hablar con él y descubrir por qué vive en el pasado. El El del Agua finalmente se ha recuperado y busca eliminar a todos los Jinetes de una vez por todas.
Episodio 42Shoichi Tsugami ha caído inconsciente durante la pelea con el recién evolucionado El of Water y todas las piezas de sus recuerdos en Akatsuki se han juntado. Mientras tanto, Mana usa sus poderes para traducir la carta encontrada por Toru Hojo y aprende la historia detrás de los Overlords of Light and Darkness y el origen detrás de las semillas de Agito.
Episodio 43Agito desata su Forma Brillante y combina su fuerza con la de los otros Jinetes y derrota al El del Agua. OverLord of Darkness se da cuenta de que el poder de Agito se ha vuelto demasiado fuerte y debe tratar directamente con los Riders para salvar a sus amados humanos.
Episodio 44Después de que le roban la semilla de Agito a Kaoru Kino, el OverLord of Darkness vuelve su mirada hacia Ryo Ashihara, buscando tomar el poder de Gills. Shoichi Tsugami y Mana Kazaya acuden a Toru Hojo en busca de respuestas sobre el asesinato del padre de Mana, pero ¿la verdad que descubren es más de lo que pueden manejar?
Episodio 45Gracias a Ryo Ashihara, Shoichi Tsugami escapa del OverLord of Darkness. Shouichi comienza a preguntarse qué significa ser Agito ahora que cree que su hermana mató al padre de Mana. Makoto Hikawa es liberado y vuelve al servicio. Desafortunadamente, todavía sufre de una conmoción cerebral severa.
Episodio 46Shoichi Tsugami se consuela sabiendo que ya no es Agito y que está libre de un destino que podría ser muy parecido al de su hermana. Pero con Agito, Gills y Another Agito fuera de servicio, ¿quién salvará a Mana cuando sea atacada?
Episodio 47Un mes después, no ha habido avistamientos de Desconocidos, por lo que la policía decide disolver temporalmente el equipo G3 con la esperanza de que todo este lío esté llegando a su fin. Shoichi Tsugami y Ryo Ashihara encuentran trabajo y tratan de volver a tener una vida normal. El Overlord, al ver que su amada humanidad se vuelve contra él, decide que es hora de empezar de nuevo.
Episodio 48Están ocurriendo una serie de suicidios extraños donde todas las personas son Escorpio. Makoto Hikawa no cree que estas muertes sean solo coincidencias y decide que esto necesita más investigación. Shoichi Tsugami intenta ayudar a una aprendiz que lucha por ser chef a tiempo completo, creyendo que puede ayudarla a seguir los pasos de su padre. Ryo Ashihara intenta convencer a una chica de que hay más en la vida que solo correr en bicicleta.
Episodio 49Después de ser golpeado por El del Viento, Ryo Ashihara y Shoichi Tsugami son atendidos hasta que recuperan la salud por las dos chicas a las que ayudaron. A medida que la constelación de Escorpio continúa cambiando, más y más personas que nacieron bajo la constelación se suicidan. Makoto Hikawa cree que mueren después de ver a su doppelgänger.
Episodio 50El G3 y el G3-X han sido enviados con el propósito de proteger a los Desconocidos. La policía cree que una raza de Agitos algún día derrocará a la humanidad, así que ¿por qué no hacer que los Desconocidos los maten antes de que suceda?
Episodio 51Con gente suicidándose a causa del OverLord y dos Els matando gente con la Semilla de Agito, los Kamen Riders deben unir sus fuerzas para salvar a la humanidad de la extinción.
