La historia de Gintama se sitúa en un Edo alternativo (actual Tokio), conquistado por alienígenas llamados Amanto, quienes prohíben el uso de espadas y debilitan a los samuráis. El protagonista, Gintoki Sakata, es un samurái excéntrico que termina formando el grupo “Yorozuya” junto a Shinpachi, un joven que lo admira, y Kagura, una chica alienígena con fuerza sobrehumana. Juntos trabajan como freelancers resolviendo diversos encargos. A lo largo de la serie interactúan con otros personajes importantes como el grupo policial Shinsengumi, el terrorista idealista Kotaro Katsura y el violento antagonista Shinsuke Takasugi. Aunque la historia principal se desarrolla gradualmente, también contiene sagas que se desvían del argumento central con frecuencia.
Episodio 1 Regresa el anime de Gintama. Tras pedir disculpas por este hecho, Gintoki estaba lidiando con Otose y sus intentos de cobrar el alquiler cuando de repente todo se queda quieto. Al salir de su departamento ve que salvo Ginpachi y Kagura todo sigue absolutamente congelado debido a un extraño reloj con el poder de manejar el tiempo que se rompió.
Episodio 2 Tras comprobar que hagan lo que hagan para arreglar el reloj, siempre acaba muriendo Hasegawa o Gengai, Gintoki descubre que al reloj le faltan baterías, así que emprenden una misión para recuperar unas baterías de reemplazo que están en manos de Hijikata.
Episodio 3 Yamazaki, inspector del Shinsengumi, tiene la misión de vigilar a los Yorozuya, pero un inesperado evento con Tama y la rutinaria vida de Gintoki y sus compañeros hace que centre su atención en Tama, para finalmente enamorarse de ella. Los jefes del Shinsengumi notan esto y deciden organizar una reunión matrimonial para ver si logran que Yamazaki y Tama se casen.
Episodio 4 Gintoki ayuda a Tsukuyo a dar clases de historia japonesa de una manera muy particular, poniendo a los personajes históricos del periodo Sengoku en roles nuevos. Luego, decide ayudar a Shinpachi a que oculte las revistas porno que un amigo dejó a su cargo.
Episodio 5 Ha aparecido un espejo misterioso en la oficina de los Yorozuya. Lo que no saben es que detrás de ese supuesto espejo se encuentra Sa-chan con la única intención de espiar a Gintoki, aunque eso pronto se volverá en su contra. En la otra historia, veremos a Yamazaki recibiendo un aprendizaje ninja al más puro estilo de Naruto.
Episodio 6 Katsura y Sakamoto se reúnen en un bar con Gintoki para rememorar los días de la Guerra Joui e intentan recordar a Tasuke Kurokono, uno de sus compañeros, aunque parece que no es posible. No obstante, Takasugi, otro de sus antiguos compañeros, los ayuda a hacer memoria.
Episodio 7 Prosigue la reunión de los antiguos rebeldes Joui y parece que poco a poco van haciendo memoria y consiguen recordar a Tasuke Kurokono, aunque tienen ciertas lagunas y recuerdan algunas cosas que no quieren creer que sean ciertas. Mientras tanto, los compañeros de Shinsuke intentan acabar con Gintoki y compañía.
Episodio 8 Mientras compraba cigarrillos, le dan a Hijikata un boleto de lotería perdido que resulta estar premiado con 300 millones. Cuando finalmente decide quedárselo e ir al banco a cobrar el premio, se topa con Gintoki, quien está buscando un boleto de lotería que compró y había perdido.
Episodio 9 Gintoki decide que deben promocionar Yorozuya para tener más clientes, por lo que junto a Shinpachi y Kagura, piensan distintas ideas de promoción. Luego, hay una reunión entre los personajes más influyentes del Kabukicho, quienes le quieren dar un lavado de cara a la ciudad frente a la sociedad.
Episodio 10 Kyubei está paseando por Kabukicho cuando una adivina le dice que le leerá su fortuna. Cuando empieza, le dice que sabe que es una mujer y le pregunta si no preferiría ser un hombre definitivamente. Poco después un gran destello de luz hace que todo el mundo haya cambiado de sexo.
Episodio 11 Los protagonistas se encuentran con el Consengumi cuando están a punto de ser atacados por los miembros del Dekobokkoismo, pero si son amigos o enemigos es algo que está todavía por ver. Por suerte, descubrirán la verdadera naturaleza del "Dios" de sus enemigos y tendrán que contraatacar... ¿como hombres?
Episodio 12 Los protagonistas se encuentran con el Consengumi cuando están a punto de ser atacados por los miembros del Dekobokkoismo, pero si son amigos o enemigos es algo que está todavía por ver. Por suerte, descubrirán la verdadera naturaleza del "Dios" de sus enemigos y tendrán que contraatacar... ¿como hombres?
Episodio 13 Parece que todo va como realmente deseaba Kyubei, aunque poco a poco van surgiendo dudas en su interior y ya no sabe qué es lo que quiere en realidad. Ese hecho hará que el mundo como lo conocen en ese momento vuelva a dar otro vuelco inesperado.
Episodio 14 Seita-kun lo está pasando mal en la escuela. A la hora del almuerzo no puede congeniar con sus compañeros de clase porque las enormes loncheras que le prepara su madre lo avergüenzan. Por suerte, su madre contará con la inestimable ayuda de varias mujeres de su entorno en busca de la lonchera perfecta para Seita.
Episodio 15 Un misterioso asesino azota la ciudad acabando con varios borrachos en callejones oscuros. Gintoki vuelve de beber cuando se encuentra con un "Shinigami" que le pide ayuda para cometer seppuku. Sin embargo, la situación dará un giro inesperado.
Episodio 16 Gintoki se ve entre la espada y la pared y acepta la misión encomendada por el decimoctavo Yaemon de proteger a Asaemon. La intervención del Shinsengumi sin embargo destapará la verdad oculta tras los asesinatos.
Episodio 17 El decimoctavo Yaemon cuenta lo que pasó en realidad entre Gintoki y el padre de Asaemon. Debido a ello, Asaemon empieza a tener dudas, pero parece que poco a poco va sabiendo lo que quiere hacer en realidad respecto a ser verdugo.
Episodio 18 Hasegawa ahora se gana la vida contando historias de terror a los niños en el parque y le va bastante bien, pero se está quedando sin historias nuevas y acude a los Yorozuya. Allí, por culpa de Kagura, le contarán varias historias en las que cualquier parecido con Saint Seiya es pura coincidencia.
Episodio 19 Al ver que Tama recibe muchos clientes que van a confesarle cosas de su vida, Gintoki decide aprovecharla y monta un confesionario al lado del Bar Otose. Lo que parecía ser un gran negocio para pagar la renta pronto se vuelve en un calvario para él, cuando empieza a recibir a conocidos que han realizado actos que lo perjudican gravemente.
Episodio 20 Debido a que el shogun perdió la memoria, Katsura se lo lleva consigo para convertirlo en su mano derecha dentro de la organización de los rebeldes. Como quiere que algún día lo suceda en el cargo, Katsura comienza a enseñarle al shogun lo esencial para ser un bien líder.
Episodio 21 Kondo va al festival de Kabukicho acompañado de Sougo y Hijikata. Para no avergonzar al Shinsengumi, Sougo decide ponerle una máscara de cucaracha a Kondo. A pesar de que le molestaba al principio, tras encontrarse con Otae y ver que no lo reconoce, decide seguir con ella puesta para así disfrutar una cita de festival con ella.
Episodio 22 Los Yorozuya están jugando a una típica actividad veraniega, partir la sandía, con la princesa Soyo, quien parece tener cierto fanatismo por los hechizos del Dragon Quest. Más tarde, los Yorozuya tendrán que ayudar a otro niño, en este caso a Seita, el hijo de las cortesanas de Yoshiwara, quien necesita ayuda con la tarea de las vacaciones de verano.
Episodio 23 Gintoki y Hijikata sufren un terrible accidente mientras caminaban por la calle y sus personalidades se intercambian. Eso dará a toda clase de problemas y cambiará la forma de trabajar del Shinsengumi y de los Yorozuya.
Episodio 24 Gengai y Tama intentan ayudar a Gintoki y Hijikata a recuperar sus cuerpos originales, pero no cuentan con un detalle crucial: la mitad del alma de Gintoki fue a parar a un gato muerto que estaba en el momento del accidente. Debido a ello, tendrán que buscar a un gato muy peculiar por todo Edo.
Episodio 25 Tras el último accidente, prácticamente todos los protagonistas cambiaron de cuerpo, así que la situación se complica todavía más debido al egoísmo de Sacchan y Kondo. No obstante, deciden ser firmes para conseguir un objetivo común, que no es otro que atrapar al gato que tiene el alma de Gintoki.
Episodio 26 Reaparece el famoso comerciante del espacio, Tatsuma Sakamoto, causando problemas allá por donde pasa. Debido a ello, Gintoki se va a tomar algo con Mutsu para ver cómo se conocieron mutuamente y tratar de entender si Tatsuma ya era así desde el comienzo.
Episodio 27 Parece que Mutsu se encuentra en una encrucijada debido a que los integrantes de Chidori han vuelto para llevarse a Sakamoto en un intento por recuperar su poder y hegemonía. No obstante, esta vez Mutsu no está sola y cuenta con la ayuda de Gintoki para volver a establecer el orden.
Episodio 28 Los Yorozuya quieren aprovechar el cambio de estación para dar un cambio a su imagen, aunque no saben exactamente qué hacer. Por otro lado, el padre de Shinpachi le dejó en su lecho de muerte una técnica mortal que había ideado, así que es hora de que la aprenda para tratar de revivir el dojo familiar.
Episodio 29 El Mocoso Primate ha regresado a Kabukicho y está dispuesto a seguir robando a los usureros y repartir bananas entre los ciudadanos. No obstante, se cruza con Kondo y por casualidades del destino, acaba siendo su aprendiz para ser el Segundo Mono Mocoso.
Episodio 30 Katsura decide infiltrarse en el Shinsengumi para destruirlo por dentro y se le ocurre hacerlo poniéndose una peluca afro enorme. Cuando empiezan las pruebas de selección se enfrenta al capitán de la tercera división: Shimaru Saito, un tipo realmente callado al que casi nadie le ha oído hablar.
Episodio 31 La infiltración de Katsura está yendo estupendamente y ya está muy cerca de hundir el Shinsengumi por dentro. Pero Katsura no contaba con Gintoki y compañía, a quien les había pedido ayuda Shimaru Saito para poder hacerse amigo de ese nuevo recluta con peinado afro.
Episodio 32 Kagura finge tener una grave enfermedad típica del clan Yato debido a una sobreexposición a la luz solar. Una vez en el hospital, ve que sus amigos empiezan a dar por imposible su recuperación y Kagura se ve sin posibilidad de salir del atolladero.
Episodio 33 La invención de Kagura va creciendo cada vez más como si fuera una bola de nieve y acaban realizando un funeral de Estado para Kagura porque supuestamente ya está muerta. Pero nadie contaba con Sougo, que parece tener planes distintos para Kagura.
Episodio 34 Gintoki está ayudando a terminar un manga que está elaborando un preso que resulta que se ha enamorado de la doctora de la prisión. Además, Gintoki le consigue un pequeño hueco para colaborar en la Jump, así que necesitarán aún más ayuda para terminar el trabajo a tiempo.
Episodio 35 En la primera mitad del episodio Gintoki y compañía ayudan en la herrería y reciben la visita de un héroe y un Rey Demonio que necesitan sus espadas. En la otra mitad, Tama tendrá una emotiva historia con una nueva amistad.
Episodio 36 Parece que los enemigos tradicionales del Gobierno por fin han decidido ponerse en acción para acabar con la vida del shogun e instaurar a otra persona en el poder. Para evitarlo, Matsudaira contacta con el Oniwabanshu para proteger al shogun de los posibles ataques del enemigo.
Episodio 37 Zenzo acaba con la vida del shogun cortándole la cabeza y, supuestamente, acabando con la rebelión que se estaba fraguando. No obstante, hay dos frentes abiertos y ninguno de los bandos está dispuesto a detenerse de ninguna de las maneras.
Episodio 38 Una impactante revelación demuestra que, aunque algunos no lo quieran, el shogun sigue con vida. De todos modos, tanto el clan Yato como los Piratas Espaciales Harusame siguen dispuestos a atacar de todos modos.
Episodio 39 Por una parte, Gintoki y compañía huyen del asedio de todos los integrantes del clan Yato que los están atacando. Por otra parte, Zenzo y Sacchan también están huyendo de sus perseguidores. ¿Conseguirán salir con vida de este tremendo ataque?
Episodio 40 Finalmente comienza el enfrentamiento entre Gintoki y Takasugi. Mientras tanto, viajaremos al pasado para ver cómo eran Gintoki y compañía durante su niñez bajo las enseñanzas de su maestro, Shouyou Yoshida.
Episodio 41 Mientras prosigue el enfrentamiento, seguimos siendo testigos del principal motivo por el cual Takasugi siente un odio irrefrenable hacia Gintoki. ¿Cuál será el desenlace de la pelea entre los antiguos discípulos de Shouyou?
Episodio 42 La pelea entre los discípulos de Shouyou se detiene porque llegan nuevos personajes para complicar la situación política del shogun todavía más. ¿Quién ha llegado? ¿Qué repercusiones tendrá respecto a Shigeshige?
Episodio 43 La acción finalmente termina gracias a la mediación de Shigeshige, quien acepta hacerse a un lado y marcharse para cambiar la nación desde otra perspectiva.
Episodio 44 Tras la muerte de Shigeshige, los acontecimientos van en un rumbo totalmente desaforecedor para el Shinsengumi, el cual es considerado el verdadero culpable de la muerte del shogun porque no pudo protegerlo cuando más falta hacía.
Episodio 45 Con el Shinsengumi disuelto, el nuevo shogun intenta provocar a su viejo subcomandante y a Gintoki apareciendo en el local en el que beben para olvidar. La nación necesita un héroe, pero todos los aspirantes necesitan encontrar nuevas motivaciones.
Episodio 46 La situación es crítica. Con Kondo y Matsudaira encerrados, Katsura se deja apresar para intentar salvarles la vida. Por otro lado, los demás miembros del Shinsengumi por fin se deciden a entrar en acción.
Episodio 47 El Shinsengumi y los aliados de Katsura se dirigen a la isla donde están encerrados sus compañeros. Durante el camino tienen problemas, pero es posible que aparezca una ayuda inesperada.
Episodio 48 Por un lado, Katsura, Matsudaira y Kondo intentan escapar. Por otro lado, Gintoki y todos los demás intentan acudir en su ayuda. Pero ninguno de los dos grupos caerá en la cuenta de que sus enemigos ya lo tenían todo planeado.
Episodio 49 Finalmente, el Shinsengumi logra reunirse con Kondo y compañía y comienza la lucha definitiva contra todos los enemigos presentes. No obstante, algunos se quedarán impactados al conocer la verdad que hay tras Sasaki.
Episodio 50 Por si nuestros protagonistas no tuvieran problemas suficientes, de repente aparece un misterioso hombre con una máscara de cuervo que se hace llamar Utsuro y que nadie de los presentes parece ser rival para él.
Episodio 51 Sasaki parece tener un plan para salir de allí con vida, aunque para ello se vea obligado a realizar sacrificios. Por otro lado, termina de confirmar sus sospechas acerca de Nobume y su pasado.
杉田智和
Gintoki Sakata (voice)
釘宮理恵
Kagura (voice)
阪口大助
Shinpachi Shimura (voice)
石田彰
Kotarou Katsura (voice)
立木文彦
Taizou Hasegawa (voice)
中井和哉
Toushirou Hijikata (voice)
鈴村健一
Sougo Okita (voice)
Takehito Koyasu
Shinsuke Takasugi (voice)
甲斐田裕子
Tsukuyo (voice)
日野聡
Kamui (voice)
井上和彦
Oboro
千葉進歩
近藤勋（配音）
くじら
Otose (voice)
高橋美佳子
Sadaharu (voice)
藤原啓治
Hattori, Zenzou (voice)
Tessyo Genda
Hedoro (voice)
青野武
Hiraga, Gengai (voice)
Takumi Yamazaki
Kawakami, Bansai (voice)
成田紗矢香
Ketsuno, Christel (voice)
若本規夫
Matsudaira, Katakuriko (voice)
江川央生
Saigou, Tokumori (voice)
大塚明夫
Saizou (voice)
Miki Shin'ichirou
Sakamoto, Tatsuma (voice)
ゆきのさつき
Shimura, Tae (voice)
Fumiko Orikasa
Yagyuu, Kyuubei (voice)
山寺宏一
Yoshida, Shouyou (voice)
