La serie continúa con los heroicos mutantes de los X-Men separados, transportados a distintas épocas y luchando por encontrar el camino de vuelta a casa. Entretanto, en los años 90, los enemigos misteriosos y las olas de intolerancia hacia los mutantes se multiplican tras la desaparición de los X-Men.
Episodio 1 Los X-Men están desperdigados por el tiempo, en momentos importantes de la vida de Apocalipsis, lo que obliga a Forja y a Bishop a poner en marcha un ambicioso plan para rescatar a sus compañeros y devolverlos a los años 90.
Episodio 2 Para llenar el vacío de los X-Men tras el Día-E, surge una nueva fuerza paramilitar secreta, a la vez que crece la animadversión hacia los mutantes y un peligro aún mayor se perfila en el horizonte.
Episodio 3 La mitad de los X-Men están atrapados en el antiguo Egipto, intentando reescribir el pasado de Apocalipsis para proteger el futuro de la humanidad. Mientras tanto, una misión de rescate acaba torciéndose por culpa de una visita inesperada
Episodio 4 Tras la llegada de Bishop al antiguo Egipto, la alianza entre los X-Men y En Sabah Nur comienza a resquebrajarse. Mientras, Rama-Tut pretende eliminar al equipo y quedarse él solo con todo el poder.
Episodio 5 De vuelta en los años 90, Wolverine y Morpho reclutan a un equipo diverso de aliados y enemigos para infiltrarse en una apartada base de Arma X en Canadá, donde se encontrarán con una auténtica masacre y deberán resolver un extraño misterio.
Episodio 6 La Mansión-X vuelve a estar abierta, ofreciendo así a los jóvenes mutantes un lugar donde vivir. Polaris, antigua miembro de los X-Men, regresa a la escuela para sorprender al equipo justo cuando surge una nueva amenaza.
Episodio 7 Los X-Men viajan a las profundidades de la Tierra Salvaje, donde se llevarán la gran sorpresa de cruzarse con un rostro bastante familiar.
Episodio 8 Los miembros de la agrupación mutante se ven obligados a confrontar cara a cara a un fantasma proveniente de su pasado.
Episodio 9 El equipo de héroes es empujado hasta sus límites absolutos cuando las secuelas de sus antiguas batallas regresan para cobrar factura.
