La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.
Episodio 1 Se muestra una parte del futuro reencuentro entre Naruto, Sakura y Sasuke. La historia ordenada cronológicamente empieza cuando Naruto regresa a Konoha y se reencuentra con sus viejos amigos. Además, se revela de Gaara es el nuevo Kazekage de la Aldea de la Arena.
Episodio 2 Sasori y Deidara (dos miembros de Akatsuki) llegan a la Aldea Oculta de la Arena, donde Yūra, el espía, los espera. Naruto y Sakura son sometidos a una prueba contra Kakashi para demostrar lo que han aprendido y conseguido en estos años, haciendo lo que al principio de la serie no pudieron hacer: quitarle los cascabeles. Mientras tanto, Yūra le permite la entrada a la Aldea de la Arena a lo Sasori y Deidara.
Episodio 3 Kakashi se sorprende de lo mucho que han mejorado Naruto y Sakura, y de que ya no caen en las viejas trampas. Mientras tanto, Deidara se infiltra en la Aldea Oculta de la Arena aunque es descubierto por Gaara.
Episodio 4 La pelea contra Kakashi concluye con éste perdiendo ante Sakura y Naruto. Mientras tanto en la Aldea de la Arena, Deidara se infiltra en la aldea, crea un pájaro de arcilla para volar en él y empieza a buscar al jinchuriki (Gaara). Sin embargo, este último logra reconocerlo. La batalla entre estos dos comienza.
Episodio 5 La lucha entre Deidara y Gaara continúa en el cielo. Este último logra arrancarle un brazo a su oponente creyendo derrotarlo. Mientras tanto Sakura y Naruto que han vencido a Kakashi vuelven a la aldea.
Episodio 6 Gaara protege a la aldea de la gran técnica de Deidara (una gran bomba llamada C3), pero al hacerlo cae en su trampa. Deidara mezcló su arcilla con la arena de Gaara y esto le da la victoria, dejando a este último inconsciente y es capturado.
Episodio 7 Kankurō al ver que Deidara se lleva a Gaara, inconsciente, sale corriendo en su busca, pero Sasori le detiene por lo que Kankurō invoca a sus marionetas para intentar derrotarlo.
Episodio 8 Kankurō y Sasori empiezan a luchar, mientras tanto, el equipo Kakashi conoce el problema en la Villa de la Arena y comienza su viaje para ayudar.
Episodio 9 Kankurō lucha por su vida tras ser envenenado, el equipo Kakashi se encuentra a Temari por el camino y la informan de la situación y Naruto le cuenta a Sakura que el Kyūbi está dentro de él.
Episodio 10 Gaara es entregado al líder de Akatsuki y la ceremonia para extraer a Shukaku comienza. Mientras, el equipo Kakashi sigue su camino hacia la Aldea Oculta de la Arena y desde Konoha el equipo Guy es enviado para ayudarles.
Episodio 11 Después de viajar durante tres días, el equipo Kakashi apenas llega a tiempo para ayudar a Kankurō. Sakura, usando sus habilidades médicas logra extraer el veneno y crear un antídoto. Después de que Kankurō se despierta, le da a Kakashi un pedazo del paño de Sasori, permitiendo que los ninken sigan el rastro de los miembros de Akatsuki.
Episodio 12 El equipo Kakashi se dirige hacia la guarida de la Organización Akatsuki con Chiyo. Durante el camino, Chiyo les habla sobre los Bijū. Mientras tanto, Pakkun se dirige hacia fuera para recibir al equipo Guy y los informa de que los demás están bastante cerca de la guarida de Akatsuki. El líder de Akatsuki envía a Kisame e Itachi para parar a los equipos Guy y Kakashi, respectivamente.
Episodio 13 La batalla entre el equipo Guy y Kisame comienza mientras Kakashi explica el peligro del Mangekyo Sharingan de Itachi Uchiha al resto de su equipo y revela lo que él ha descubierto ser su debilidad. El equipo Guy rápidamente es derrotado y Guy es obligado a luchar solo contra Kisame. Kakashi ataca a Itachi junto con Naruto pero después éste se ve obligado a luchar contra tres Itachi.
Episodio 14 La batalla entre Might Guy y Kisame está bastante empatada. Guy saca sus nunchaku para compensar la espada de Kisame, pero no sirven de nada contra los ataques de agua de éste. Might Guy tiene que recurrir a su último ataque para igualar la cuenta, la liberación de las puertas de chakra. Neji aprovecha la ocasión para romper la trampa de agua de Kisame. Mientras tanto, Naruto Uzumaki se da cuenta de que lo atraparon en una ilusión y recuerda su entrenamiento con Jiraiya para destruir la ilusión de Itachi. Cuando Naruto comienza a aplicar sus conocimientos, Itachi comenta que ha mejorado
Episodio 15 Los combates entre los equipos de Konoha y los dos miembros de Akatsuki llegan al final con la victoria de los equipos Kakashi y Guy, pero cuando todos creían que habían acabado con sus oponentes descubren que ninguno de los dos está ahí ya que los cuerpos se han transformado en dos personas, Kisame en un desconocido e Itachi en Yūra.
Episodio 16 Chiyo revela que al intentar controlar el poder del Bijū ellos eran convertidos en anfitriones humanos llamados «Jinchūriki», y que el anfitrión humano muere cuando el Bijū es extraído, lo cual aumentó la urgencia de rescatar a Gaara. Kankurō está despierto y se une a una reunión del consejo de la Arena donde también cuentan alguna historia más de la Arena. Ambos equipos dejan de descansar y se preparan para las batallas que van a venir a continuación. Akatsuki envía a Zetsu para eliminar los cuerpos de los dobles.
Episodio 17 Naruto muestra su necesidad de encontrar a Gaara rápidamente. Chiyo nota esto y Kakashi le explica que Naruto es también un Jinchūriki y sabe el dolor al cual Gaara ha sobrevivido. Chiyo explica que ella fue el ninja que selló al Shukaku en Gaara para proteger la Aldea Oculta de la Arena. Mientras tanto, Akatsuki ha terminado de extraer el Shukaku de Gaara. El Equipo Guy y el Equipo Kakashi finalmente se encuentran delante de la entrada sellada de Akatsuki.
Episodio 18 El Equipo Guy y el Equipo Kakashi llegan a la entrada de la cueva donde Akatsuki ha extraído el Shukaku a Gaara, pero no pueden entrar a menos que retiren los cinco sellos ocultos en los alrededores al mismo tiempo. Sin embargo, una vez lo hacen, cada integrante del Equipo Guy se ve amenazado por unas extrañas figuras. Mientras tanto, el Equipo Kakashi por fin encara a Deidara y Sasori.
Episodio 19 Cada miembro del Equipo Guy debe enfrentarse a una copia suya surgida de la tierra o el agua (en el caso de Tenten) que poseen sus mismas fuerza y habilidades. Mientras, el Equipo Kakashi encuentra a Gaara. Naruto se dispone a atacar a Deidara y Sasori preso de ira, pero Kakashi le detiene, permitiendo que Deidara cree un gran pájaro de arcilla, y escape hacia el exterior de la cueva. Naruto sale en su persecución junto a Kakashi, mientras que Sakura y Chiyo se quedan enfrentando a Sasori en la cueva.
Episodio 20 Chiyo explica a Sakura que Sasori era uno de los mejores marionetistas de la Villa de la Arena, hasta que él comenzó a experimentar con la gente humana. Sakura aprende que el verdadero cuerpo de Sasori está oculto dentro de su marioneta preferida, Hiruko. La única manera de derrotar a Sasori es destruir su marioneta. Trabajando en equipo, Chiyo y Sakura pueden esquivar los ataques de Sasori y demoler la marioneta, de la cual Sasori emerge.
Episodio 21 Con su marioneta destruida, Sasori se muestra a Chiyo y a Sakura, pareciendo igual de joven que cuando se fugó de su aldea hace veinte años. Otro trozo nostálgico para Chiyo es que él produce una voluta con la que convoca a la marioneta del tercer Kazekage, a quien Sasori había asesinado hace veinte años. Usando sus armas, que son aún más peligrosas que las de Hiruko, Sasori puede atrapar a Sakura en una nube del gas venenoso. Mientras tanto, Kankurō, el equipo de Temari, y Ebizo siguen la pista de Akatsuki para llegar a la guarida y ayudar a los demás.
Episodio 22 Naruto y Kakashi siguen persiguiendo a Deidara (quien trata de eliminar a Kakashi para pelear a solas con Naruto), y el Equipo Guy sigue enfrentándose a sus dobles; mientras tanto Sakura escapa de la nube venenosa con ayuda de un «sello explosivo». Sasori ataca a Sakura con «Kunais», pero Chiyo la protege invocando las primeras marionetas hechas por Sasori: «Madre» y «Padre»; mientras Sasori se dispone a usar la técnica más poderosa de su marioneta: «Arena de hierro»
Episodio 23 Sasori ataca a Sakura y a Chiyo con la «Arena de Hierro», pero Chiyo usa una de sus marionetas para defenderse del ataque, la cual queda inmovilizada por la arena de hierro. La segunda marioneta que protege a Sakura, y las prótesis del brazo de Chiyo (la cual también es una parte de marioneta) también quedan inmovilizadas por la arena. Chiyo recuerda a los padres de Sasori y de cómo a éste le afectaba el no tenerlos cerca. Ante la situación de riesgo, Chiyo le pide a Sakura que se vaya, pero ella le dice que la use de nuevo ya que la arena de hierro no podrá inmovilizar una marioneta de carne y hueso.
Episodio 24 Sasori ataca a Sakura con arena de hierro en forma de pirámide y prisma, pero Sakura descubre su patrón de ataque (recordando su entrenamiento con Tsunade) y esto le dificulta a Sasori derrotarla. Esquivar y repeler los ataques de Sasori provoca que la cueva donde se encuentran empiece a derrumbarse. Al ver que le será difícil vencer a Sakura, Sasori emplea aún más arena de hierro para herir a Sakura; Chiyo se da cuenta de que la arena contiene veneno, por lo cual Sakura cae debilitada. Sasori se dispone a lanzar su último ataque con el Tercer Kazekage [...] pero Sakura se levanta al último segundo y destruye la marioneta.
Episodio 25 Sakura revela que tomó un antídoto contra el veneno de Sasori que la hará inmune por tres minutos, tiempo en el que dice poder terminar la batalla. Mientras tanto, Naruto y Kakashi han formulado por fin un plan para enfrentarse a Deidara (luego de un inesperado ataque de grillos explosivos para alejar a Kakashi y poder pelear a solas con Naruto). Sasori se quita la túnica y les revela a Sakura y a su abuela la razón por la cual no ha envejecido en 20 años [...] él se ha transformado en una marioneta humana a sí mismo
Episodio 26 Sasori ataca a Sakura y a Chiyo con los tubos que salen de sus manos y posteriormente hiere a Sakura con la cuerda envenenada que sale de su abdomen, pero Sakura usa la cuerda para jalar a Sasori y lo destruye. La placa en el pecho de Sasori (la cual representa a su corazón) hace que todas las piezas de la marioneta vuelvan a encajar. Como último recurso Chiyo invoca a 10 marionetas, mientras que Sasori invoca a un ejército de marionetas para combatirle. Con la ayuda de las marionetas de su compañera, Sakura lanza a una de ellas contra Sasori.] que parece derrotado; una marioneta se levanta detrás de Chiyo con una espada envenenada y el corazón de Sasori en el pecho. Justo cuando Sasori creía haberle atravesado el pecho a su abuela, Sakura se interpone en el camino de la espada.
Episodio 27 Sakura es atravesada por la espada de Sasori, pero no muere puesto que Chiyo utiliza en ella el antídoto que les quedaba. Sasori baja la guardia y Chiyo le ataca con las marionetas de sus padres en su punto débil, el contenedor con su parte viva en el pecho. Antes de morir, le revela a Sakura que iba a reunirse con su espía que estaba vigilando a Orochimaru, en el Puente del Cielo en el País de la Hierba. Chiyo utiliza su técnica de traspaso de energía vital para curar a Sakura, pero como ésta no estaba muerta aún, la anciana sigue viva. Kakashi muestra por primera vez su Mangekyō Sharingan.
Episodio 28 Después de la batalla, Sakura planea regresar a la Aldea Oculta de la Arena para neutralizar el veneno que corre por las venas de Chiyo; pero la anciana le dice que no, puesto que aún le falta algo que hacer. El Equipo Guy aún no puede derrotar a sus copias puesto que ya están muy cansados para seguir peleando. Rock Lee descubre la forma para derrotarlos recordando el lema que usaban en sus entrenamientos: «Ser más fuerte que ayer». Así, el equipo Guy logra derrotar a sus copias, mientras Naruto y Kakashi Hatake siguen persiguiendo a Deidara, quien parece querer detenerse a luchar.
Episodio 29 El Equipo Guy tras finalizar su combate se dirige, al igual que Sakura y Chiyo, hacia Naruto y Kakashi que continúan su lucha contra Deidara. Kakashi intenta enviar a Deidara a una dimensión alternativa con su nuevo Mangekyō Sharingan pero falla y solo envía su brazo; a su vez, Naruto lanza su ataque sobre él, pero solo alcanza a un clon de arcilla y en su desesperación el chakra del zorro empieza a emerger.
Episodio 30 Naruto pierde el control de su cuerpo por culpa del chakra del zorro pero Kakashi logra controlarlo gracias a un sello que Jiraiya le entregó. Gracias a Neji Hyūga el equipo Guy encuentra a Deidara saliendo de su escondite. Sakura llega en ese momento y no puede hacer nada por Gaara. Como Deidara no puede luchar sin brazos crea una gran explosión con su pájaro para poder escapar la cual es detenida por Kakashi enviándola a otra dimensión. Entonces Sakura ve el cuerpo de Gaara y le dice que no puede hacer nada por él y Chiyo decide dar su vida para salvar la de Gaara.
Episodio 31 Chiyo no tiene chakra suficiente para revivir a Gaara entonces Naruto le ofrece sus manos para que a través de él realice su técnica. Tras un tiempo, Gaara despierta y también llegan al lugar muchos Shinobis de la arena. Kankurō le agradece a Naruto todo lo que ha hecho por Gaara y Temari a su vez, le dice a Naruto que tiene el poder de cambiar a la gente, pues Chiyo normalmente no haría eso por los demás. Naruto no entiende que quiere decir Temari y se da cuenta de que Chiyo murió para revivir a Gaara.
Episodio 32 Deidara sale de entre la tierra lamentándose porque su «Clon de arcilla explosivo» no eliminó a los de Konoha. Zetsu y Tobi van a donde tuvo lugar la batalla de Sasori contra Chiyo y Sakura para recuperar el anillo del primero. Gaara, los aldeanos de la arena y los de Konoha regresan a la aldea de la Arena, pero se van casi al llegar ya que afirman tener que reportarle varias cosas a Tsunade lo antes posible. Danzo le dice a un muchacho que será parte del equipo Kakashi y que debe de actuar en cubierto y para esto le da un nombre falso [...] Sai.
竹内順子
Naruto Uzumaki (voice)
杉山紀彰
Sasuke Uchiha (voice)
中村千絵
Sakura Haruno (voice)
井上和彦
Kakashi Hatake (voice)
Shōtarō Morikubo
Shikamaru Nara (voice)
日野聡
Sai (voice)
石田彰
Gaara (voice)
石川英郎
Itachi Uchiha (voice)
Kōichi Tōchika
Neji Hyuga (voice)
根本圭子
Shizune (voice)
くじら
Orochimaru (voice)
勝生真沙子
Tsunade (voice)
江原正士
Might Guy (voice)
飛田展男
Zetsu (voice)
Nobutoshi Canna
Kabuto Yakushi (voice)
Romi Park
Temari (voice)
川田紳司
Shino Aburame (voice)
檀臣幸
Kisame Hoshigaki (voice)
小山力也
Yamato (voice)
水樹奈々
Hinata Hyuga (voice)
大塚芳忠
Jiraiya (voice)
伊藤健太郎
Choji Akimichi (voice)
増川洋一
Rock Lee (voice)
田村ゆかり
Tenten (voice)
柚木涼香
Ino Yamanaka (voice)
鳥海浩輔
Kiba Inuzuka (voice)
Tessyo Genda
Nine-Tailed Demon Fox (voice)
高木渉
Obito Uchiha (voice)
