La historia de Battle Spirits: Saikyō Ginga Ultimate Zero sigue a Rei, conocido como "The Number One Star", un apasionado cazador de cartas (Card Quester) que viaja por el espacio exterior en busca de los tesoros definitivos del juego Battle Spirits. Este viaja por el cosmos junto a sus amigos enfrentándose a la Unión de la Oscuridad, una organización maligna que busca el poder absoluto del "Ultimate" el tesoro de cartas definitivo capaz de conceder cualquier deseo. Para detenerlos y convertirse en el duelista número uno, Rei debe desatar el poder de los legendarios espíritus Ultimate en batallas de cartas que deciden el destino de la galaxia.