En 1937, el teniente coronel Yuki del Ejército Imperial de Japón crea la “Agencia D”, un equipo de inteligencia bajo su mando y tutela. El Estado Mayor del Ejército asigna al teniente Sakuma la misión de observar el rendimiento de la unidad. La Agencia D despliega una amplia red para encontrar agentes más allá del personal del ejército japonés y Yuki establece principios que van en contra de las doctrinas del Ejército Imperial: “No mates, que no te maten, que no te capturen”. Así, Yuki entrena a un grupo de operativos que llevarán a cabo misiones contra fuerzas nacionales y extranjeras.
Episodio 1 La Agencia D, una sociedad secreta para formar espías de alto nivel para Japón a la que Sakuma ha sido asignado como supervisor. Sin embargo, las diferencias entre su filosofía y la de los espías resulta en tensiones palpables con el resto.
Episodio 2 Sakuma arriesga su vida con el registro de la casa de Gordon, de quien sospechan que es un espía, y solo su intuición podrá salvarlo de un destino fatal. Sin embargo, parece que tras la caza del espía hay muchos más motivos ocultos.
Episodio 3 Shima le salva la vida a una señora del grupo de la Resistencia y al hacerlo recibe un golpe en la cabeza que le provoca amnesia temporal. Como agraecimiento por ese gesto, miembros de dicho grupo deciden rescatarlo y lo llevan consigo para curarlo.
Episodio 4 El capitán Oikawa manda a llamar al sargento Honma para asignarle la ultrasecreta misión de investigar quién es el espía enemigo que se ha infiltrado en la policía militar de Shangái. Mientras, en ese mismo momento, una explosión se produce en el área donde vive el capitán Oikawa.
Episodio 5 Kazuo Izawa es secuestrado. Sus captores, quienes procuran perjudicar a Japón, le inyectan su nuevo suero de la verdad y proceden a ponerle un grabación en busca de que se sienta traicionado y obtener así lo que quieren de él. ¿Será efectivo este método? ¿Lograrán su objetivo?
Episodio 6 Un intercambio de información con el segundo secretario del consulado de la Unión Soviética en Manchuria a bordo del tren más rápido de Asia se complica cuando el traidor aparece muerto.
Episodio 7 A bordo de un barco japonés viaja un antiguo espía del MI5 que estuvo a cargo de traducir el cifrado de la mítica Enigma alemana. Sus intenciones para con Japón son desconocidas, pero entre los pasajeros lo espera Cerbero.
Episodio 8 Gamou tiene una misión para la cual se ayudará de alguien que hará doble espionaje. ¿Podrá descubrir si Graham es una "pieza negra" o una "pieza blanca"?
Episodio 9 Kunio Morishima es encontrado en flagrante delito al haber evadido el reclutamiento. Este delito se paga con tres años de cárcel y para evitarlo él acepta la misión que le asignan pasada la cual espera ser liberado de la misma.
Episodio 10 Encontrar al máximo responsable de la Agencia D puede suponer todo un reto, y cuando Aaron Price cree estar sobre la pista del coronel Yuuki, la verdad le mostrará su más cruel cara.
Episodio 11 Un nuevo caso de espionaje se desarrolla y esta vez alguien morirá. ¿Será el espía o alguien se hará pasar por él?
Episodio 12 Karl Schneider, periodista del Berlin Allgemeine, es sospechoso de ser un agente doble alemán y soviético. La Agencia D busca pruebas de que es un espía, pero aparece muerto en su casa bajo extrañas circunstancias. Las primeras pruebas indican que es un suicidio, pero la muerte para un espía es una solución impensable.
